射精管囊腫的治療方法主要取決于腫塊的大小，一般較小的囊腫，可以通過抗生素類藥物進行治療，如果有出血的癥狀出現(xiàn)，也就是患者發(fā)生過血精，也可以同時服用止血藥劑。對于病情比較嚴重，囊腫比較大，需要采用手術(shù)治療的方法。通過穿刺將無水酒精或者四環(huán)素類藥劑注入到男性患者的囊腫部位，這樣經(jīng)過幾個療程的治療后囊腫就會逐漸縮小。

這種疾病正常不會自愈，如果長期得不到有效的治療，會引發(fā)囊內(nèi)結(jié)石，嚴重的可能會導致尿道發(fā)炎。對于輕度的射精管囊腫，和年紀較輕的男性患者，可以采用口服抗生素類藥物治療的方法。對于囊腫比較大，年紀比較大以及并發(fā)結(jié)石癥的，最合適的治療方法是手術(shù)。